RÉSUMÉS DU COLLOQUE DU 19 MAI 2016

Méthodes alternatives pour l’analyse et le contrôle bactériologique des eaux: des solutions rapides, innovantes et performantes

1 - Marque NF Validation : Processus de certification de kits rapides d’analyses

Stéphanie SAMMARTANO, Ingénieur certification senior AFNOR Certification, 11 rue Francis de Pressensé, 93571 La Plaine Saint-Denis Cedex Email: stephanie.sammartano@afnor.org – Site web: http://nf-validation.afnor.org

Pour répondre aux besoins des laboratoires d’analyse de microbiologie, des fabricants ont développé et mis sur le marché des méthodes commerciales adaptées aux impératifs de production industrielle, à savoir plus simples, plus rapides et/ou plus économiques que les méthodes de référence classiques normalisées.

Afin de garantir la validité de ces outils d'analyse auprès des laboratoires utilisateurs et permettre aux fabricants de valoriser leurs produits par une démarche volontaire, AFNOR Certification a mis en place dès 1989 un système de certification des méthodes commerciales d'analyse permettant d'attester, par application de protocoles d'essai normalisées, de leurs performances analytiques.

Protégée depuis 2005 par le dépôt de sa marque au niveau communautaire et modernisée en 2011 avec la création d'un nouveau logo, cette certification s'appelle "NF VALIDATION".

En 2007, AFNOR Certification a développé une application de la marque NF VALIDATION au secteur de l’analyse microbiologique de l’eau qui porte sur deux axes :

1. La validation de kits de détection/quantification des Legionella et Legionella pneumophila par qPCR répondant aux exigences des normes NF T90-471 et ISO/TS 12869,

2. La validation de toute autre méthode alternative d'analyse de microbiologie des eaux par comparaison à une méthode de référence normalisée par application d'un protocole spécifique de validation, rejoignant ainsi le principe de la norme NF EN ISO 16140 mis en œuvre pour la validation de méthodes en microbiologie des aliments.

La procédure de certification gérée par AFNOR Certification implique :

• la réalisation d’une étude de validation sur la méthode d'analyse candidate, menée par un Laboratoire Expert indépendant qualifié par AFNOR Certification et selon un protocole de validation défini,

• complétée par un audit sur le site de fabrication de la méthode candidate, afin de vérifier que le système qualité mis en place permet d'assurer une régularité de production dans le temps.

Une fois la certification délivrée pour 4 ans, AFNOR Certification effectue dans cette période une surveillance régulière afin de vérifier, et ainsi de garantir aux utilisateurs des méthodes validées, la permanence de la conformité des méthodes aux exigences du référentiel de la marque NF VALIDATION.

Avec plus de 25 ans d'expertise dans le domaine de la validation de méthodes, AFNOR Certification garantie la fiabilité du système "NF VALIDATION" par :

• une certification tierce partie délivrée par un organisme indépendant et impartial, sous accréditation Cofrac (accréditation n° 5-0030, portée disponible sur le site www.cofrac.fr),

• l’intervention d’instances consultatives représentatives de tous les intérêts en jeu,

• un réseau d'experts investis et spécialistes en microbiologie du secteur concerné,

• des essais et des audits confiés à des Laboratoires experts et des auditeurs qualifiés.

Avec 140 méthodes d'analyse certifiées en 2016 (tous domaines confondus), AFNOR Certification est aujourd'hui le 1^er opérateur du secteur de la validation en Europe. De notoriété internationale, la marque NF VALIDATION bénéficie de la confiance des professionnels du secteur.

2 - Exemples de kits d'analyses certifiés (milieux chromogéniques et RT-PCR). Retour d’expérience et perspectives. Frédéric PASTORI- BIO-RAD – Chef de Produit International – 3 boulevard Raymond Poincaré  92430 Marnes-la-Coquette

Bio-Rad en complément des milieux de cultures normalisés, développe et propose des méthodes innovantes pour l’analyse microbiologique des eaux. Ces méthodes, certifiées par AFNOR certification sont basées sur des nouvelles technologies telles que les milieux chromogéniques ou la PCR en temps réel.
Cette nouvelle analytiques permet une analyse simple, facile à mettre en oeuvre, fiable et surtout plus rapide par rapport aux méthodes culturales classiques. Les performances et la confiance envers ces méthodes sont évaluées et prouvées lors des validations effectuées auprès d'AFNOR certification.
Pour les méthodes culturales les performances sont validées par le Bureau Technique "Eau Protocole Général". Ainsi les milieux chromogéniques tels que le RAPID'E.coli 2 water pour la détection et l’énumération des E.coli/Coliformes et le RAPID'P. aeuruginosa pour la détection et l’énumération de Pseudomonas aeruginosa ont fait l'objet d'une étude complète en comparaison des normes ISO de référence sur le modèle de celle décrite par l'ISO 16140 dans le domaine de l'analyse alimentaire.
Les méthodes pour la détection et la quantification par qPCR des Legionellatelles que les méthodes AQUADIEN™ et iQ-Check® Legionella ont, quant à elles, été validées selon les performances décrites dans les normes NF T90-471 et ISO/TS 12869 qui leurs sont spécifiques et par le Bureau Technique "PCR Eau".
La certification permet l'accréditation des laboratoires utilisateurs. Néanmoins, les méthodes alternatives dans le domaine des eaux ne bénéficient pas d'une reconnaissance normative contrairement à des méthodes alternatives dans le domaine des analyses alimentaires. En France, ces méthodes sont utilisées pour les analyses dites en "auto-contrôle". Le retour d'expérience des utilisateurs est extrêmement positif et conforme à leurs attentes. Autre signe fort de l'intérêt des nouvelles méthodes dans l'analyse des eaux est que celles-ci sont de plus en plus proposées et intégrées au sein de normes comme méthode de référence. A cela s'ajoute que dans certains pays d'Europe, lorsque la réglementation locale le permet, des méthodes alternatives peuvent être utilisées dans le cadre d'analyses réglementaires.
La perspective d'une reconnaissance au niveau Français et au niveau International pourrait permettre à terme l'utilisation de ces méthodes alternatives comme méthodes "de routine" pour les analyses réglementaires

Colilert-18 : 20 ans d’histoire. Comment une méthode alternative est devenue la méthode de référence ? Les étapes marquantes de ce parcours.

Philippe ROUSSELIN- philippe-rousselin@idexx.com IDEXX France 84 rue Charles Michels. 93200 Saint-Denis. France

Résumé

Le test Colilert-18/Quanti-Tray (EN ISO 9308-2), pour la détection en 18 heures des E.coli et des coliformes totaux dans l'eau, a été spécifié comme méthode de référence dans la Directive européenne 2015/1787 sur l'eau potable. La modification des annexes II et III de la Directive 98/83/CE du Conseil relative à la qualité des eaux destinées à la consommation humaine est désormais publiée au Journal officiel de l'Union européenne, après son adoption par le Conseil européen le 6 octobre 2015, et est entrée en vigueur le 27 octobre 2015. Les États membres de la CE disposent d'un délai de 24 mois pour transposer ce texte en droit national.

Le test Colilert-18 était devenu la norme ISO 9308-2 en 2012, puis la norme EN ISO 9308-2 en 2014, pour la détection des E.coli et des coliformes totaux dans tout type d’eau, avec des résultats quantifiés en seulement 18 heures et sans recours à des tests de confirmation supplémentaires. Au préalable, le test avait été approuvé par l'agence américaine pour la protection de l’environnement (EPA) et inclus dans le document Standard methods for examination of water and wastewater.

Au départ, le test Colilert-18 représentait une alternative aux méthodes traditionnelles. Grâce à ses résultats rapides, à sa spécificité et à sa haute sensibilité, offrant une indication rapide et précise de toute contamination fécale potentielle, sa simplicité d'utilisation, le test a très vite été adopté par un grand nombre de compagnies de distribution d'eau du monde entier délivrant de l'eau potable à des millions d'usagers.

Les reconnaissances officielles ont suivi et à ce jour plus de 40 pays ont approuvé la méthode dans le cadre de leur contrôle sanitaire. Le test a également été reconnu par de nombreuses organisations. Colilert-18 est le seul test à avoir obtenu la certification NF Validation à la fois pour les eaux de consommation (IDX 33/01 – 11/09) et pour les eaux de baignades (IDX 33/02 – 06/12).

Utilisation de la spectrométrie de masse MALDI-TOF dans le domaine de la microbiologie des eaux.

JS. PY, A. WILHEM, E. RION, B.GASSILLOUD Contacts : Benoit Gassilloud, benoit.gassilloud@anses.frou Jean-Sébastien PY, js.py@anses.fr

Agence Nationale de Sécurité Sanitaire  Alimentation - Environnement – Travail ;Laboratoire d’Hydrologie ; 40 rue Lionnois ; 54000 Nancy

La spectrométrie de masse MALDI-TOF est une technique permettant de caractériser des micro organismes sur la base d’un spectre protéique caractéristique. La technique consiste à fragmenter et ioniser des protéines d’un échantillon microbiologique co-cristallisées à l’aide d’une matrice sous l’action d’un laser (Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation) puis de séparer les protéines ionisées grâce à un champ électrique dans un tube de vide (Time Of Flight). Cet outil offre de nouvelles opportunités d’application en bactériologie dans des domaines où il est nécessaire d’obtenir une information sur le genre et/ou l’espèce présente dans l’échantillon à analyser. La rapidité d’exécution de l’analyse, la simplicité de certaines procédures, le grand nombre d’échantillons pouvant être analysés simultanément ou encore le faible coût analytique permet d’entrevoir une utilisation en routine. Cette méthodologie rapide et spécifique est actuellement très peu utilisée dans le domaine de la microbiologie des eaux. Les bactéries indicatrices d’une contamination fécale ou pathogènes pour l’homme sont recherchées via l'utilisation de méthodes standardisées, basées le plus souvent sur la détermination d'une ou plusieurs activités métaboliques spécifiques caractéristiques du genre ou de l'espèce. Dans ce domaine, l'identification à proprement parlé n'est pas un prérequis. Tout au moins, sur demande spécifique, les laboratoires sont en mesure d’entreprendre la réalisation de galeries biochimiques permettant d'établir le profil phénotypique des souches décelées. De manière à évaluer le potentiel de cette méthodologie et son application dans le domaine des eaux, nous avons conduit différents travaux sur des souches modèles classiquement recherchées (Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus faecalis, Staphylococcus aureus), en nous intéressant plus particulièrement à l’influence des conditions opératoires ((i) méthode de détection et (ii) type de préparation utilisé) sur le résultat d’identification généré.

Evolution de la réglementation sanitaire des établissements thermaux, mise en œuvre de l’arrêté du 22 octobre 2013

Caroline de PORTAL – Laboratoire Hydrologie Environnement – Université de Bordeaux

Laboratoire agréé pour le contrôle sanitaire des Eaux Minérales Naturelles – Aquitaine – Poitou Charentes

L’arrêté du 23 octobre 2013, consolidé par la note d’information n°DGS/EA4/2014/300 du 28 octobre 2014, définit les modalités de mise en œuvre du contrôle sanitaire des Eaux Minérales Naturelles qu’elles soient conditionnées ou qu’elles alimentent un établissement thermal ou une buvette publique.

Mis en application à partir de janvier 2015, ce texte permet la prise en compte par l’ARS de la partie principale de la surveillance (PPS) mise en place par l’exploitant en remplacement d’une partie du programme du contrôle sanitaire (CS). Dans ce cas, les analyses de la PPS doivent répondre aux mêmes exigences que celles du CS.

Concernant le CS des établissements thermaux, les évolutions les plus notables amenées par ce texte sont le renforcement du contrôle sanitaire des ressources en terme de paramètres physico-chimiques, organiques et de radioactivité -une « cartographie » complète et dorénavant exigée tous les 5 ans- la recherche du COT et des THM dans les piscines et la définition précise de la répartition des analyses en fonction des UDI et des catégorie de soins.

Concernant le CS des eaux conditionnées, qui n’avaient pas à proprement dit de texte régissant leur contrôle sanitaire, les principales avancées de ce texte sont tout comme le CS des établissements thermaux, un renforcement du CS des ressources. Le CS des produits finis est quant à lui définit en terme de volume d’analyses à partir du volume de production.

Après une année d’application, retour d’expérience sur la mise en application dans les régions Aquitaine et Poitou Charentes.

Du laboratoire de diagnostic clinique au laboratoire de microbiologie des eaux : un exemple de transfert technologique.

Sophie COURTOIS, Anne CAJON et Jean-François LORET SUEZ, CIRSEE, 38 rue du président Wilson, 78230 Le Pecq

Dans le cadre de la gestion préventive des risques sanitaires, introduite en octobre 2015 dans la directive européenne « eau potable », la mise en œuvre des études d’évaluation quantitative du risque microbiologique repose sur des données robustes d’occurrence de pathogènes dans la ressource. Or, l’un des principaux verrous réside dans le manque de données et dans la difficulté (et le coût) analytique à réaliser des campagnes de surveillance des micro-organismes pathogènes dans les eaux. En effet il est le plus souvent nécessaire de recourir à de multiples prélèvements et analyses basées soit sur la culture (pour la quantification des bactéries et virus pathogènes cultivables), soit par l’immunofluorescence (numération des kystes de protozoaires) ou encore la PCR (Polymerase Chain Reaction) quantitative (pour la quantification de bactéries ou virus non ou difficilement cultivables). Ainsi, la spécificité de chaque méthode de détection implique de faire un choix a priori des micro-organismes recherchés et un screening à large spectre des différents pathogènes pouvant être présents dans la ressource n’est que très rarement réalisé.

En parallèle, les progrès faits en automatisation pour les outils de diagnostic médical apportent de nouveaux outils prêts à être utilisés en microbiologie de l’environnement. L’état de l’art a permis d’identifier un nouvel équipement, le système FilmArray® de la société BioFire Diagnostics permettant de détecter de façon automatisée et en une heure seulement, 22 pathogènes responsables de gastro-entérites. Ce système ayant été développé et validé pour des applications de diagnostic clinique, il convenait d’étudier la faisabilité de l’utilisation d’un tel système pour l’analyse microbiologique d’un échantillon d’eau, qu’il soit d’eau traitée ou potable ou d’eau de ressources (eau de surface notamment).

Les résultats obtenus au cours de cette étude ont confirmé (i) la rapidité et la spécificité de détection vis-à-vis des souches de pathogènes testées ; (ii) des seuils de détection compatibles pour une recherche d’agents pathogènes dans un échantillon d’eau si un protocole efficace de concentration de l’échantillon est préalablement appliqué ; (iii) l’absence d’effet de matrice liée à la concentration d’un échantillon d’eau potable ou de surface, (iv) un prix total d’analyse (environ 25€ par paramètre analysé), très compétitif par rapport aux techniques actuelles de détection de ces différents pathogènes ; et (v) la robustesse et la facilité de mise en œuvre permettant d’envisager l’implantation de telles analyses dans des laboratoires non spécialisés en biologie moléculaire. Les bénéfices (et limites) de ce type de technologies ainsi que les différents champs d’application possibles seront présentés.

« Intérêt des outils alternatifs dans une démarche globale de gestion active des eaux de baignade : recul de plus de 10 années d’expérience »

Frédérique NAKACHE-DANGLOT Saur Direction Exploitation, 78 Saint Quentin en Yvelines,

Pascal KOHAUT Saur Direction Commerciale, 56 Vannes

La réglementation européenne de 2006 relative à la qualité et la gestion des eaux de baignade (EDB), suivie en 2008 d’une réglementation française, imposent un plus grand respect de la protection de l’environnement et de la Santé Publique, avec information du public.

Dix ans après, outre le contrôle sanitaire assuré par les Agences Régionales de Santé (ARS), la plupart des collectivités ayant en charge la gestion de ces EDB ont mis en place des stratégies d’auto-surveillance, à l’issue de l’identification des Sources Potentielles de Contamination par le Profil de Vulnérabilité (procédure d’analyse de risques également obligatoire).

Ces stratégies impliquent un contrôle soutenu et réactif de la qualité des EDB, par le suivi des 2 paramètres réglementaires indicateurs de pollution fécale : E. coli et les entérocoques intestinaux, sur alertes liées à la pluviométrie ou autres indicateurs de risques.

Ces démarches nécessitant une rapidité de réaction, les outils analytiques classiques (microplaques) dont le long délai de réponse (36 à 48h) est un frein, ont été avantageusement remplacés par des outils alternatifs à réponse rapide (quelques heures).

Saur a accompagné les élus dans ces démarches dès 2005.

Des services dédiés et spécifiques au type d’eau ; eaux littorales : OMER® et eaux douces : OSER™, ont été proposés dès 2009, faisant, entre autres, appel à ces outils alternatifs.

Ceux-ci ont été sélectionnés et validés car ils offrent un délai de réponse compatible avec une démarche de gestion active (GA) nécessitant la mise en place d’une « procédure d’alerte précoce en cas de pollutions à court terme », telle que préconisée par la directive.

Deux méthodes alternatives de quantification des 2 indicateurs fécaux sont proposées :

• une méthode basée sur la biologie moléculaire ; la RT qPCR, rendant un résultat en 3-4 h.

• et une méthode par impédancemétrie, rendant un résultat en E. coli cohérent avec un maintien d’’ouverture de plage, dans la journée.

A ceux-ci s’ajoutent d’autres outils analytiques ayant leur place dans la GA proposée de façon spécifique aux collectivités, chaque site de baignade étant unique.

Face aux besoins et contraintes de chacun d’eux, la sélection de l’outil optimal, mais aussi de l’organisation et de la stratégie optimales sont proposées dans nos offres de GA.

Celles-ci sont en effet la gestion du risque lié au contact entre les baigneurs et une pollution fécale des EDB, mais aussi la compréhension du phénomène et la résorption des sources de pollution amont.

Voilà pourquoi notre stratégie globale d’analyse de risques, mais aussi d’investigations, permet une approche complète et cohérente qui facilite par ailleurs la certification de « Démarche Qualité Eau de Baignade » du système mis en place sur le site de baignade.

L’objet de cette communication est de décrire la validation de nos outils alternatifs, quant à leurs performances et leur intérêt dans une démarche globale de gestion active, spécifique et dédiée à chaque EDB.

Recherche de Pseudomonas aeruginosa et de Legionella pneumophila dans les eaux des sources et des piscines des trois stations thermales situées dans la région de Fès, (Maroc)

Laila BENNANI ^1-2-3, Bouchra SALAME^2-4, Bahia BENNANI³ et Jamila BAHHOU⁴

1: l'Institut Supérieur des Professions Infirmières et des Techniques de Santé de Fès (ISPITS), Maroc

2 : Laboratoire Régional de Diagnostic Epidémiologique et d’Hygiène du Milieu à la préfecture régionale de la wilaya de Fès. Maroc.

3 : Laboratoire de Pathologie Humaine, Biomédecine et Environnement, Faculté de Médecine et de Pharmacie. Fès, Maroc.

4 : Laboratoire d’Analyse de Biotechnologie et Préservation des Ressources Naturelles-FSDM-Fès, Maroc.

laila.bennani@ymail.com

Résumé : Au Maroc, les complexes hydrothermaux de Sidi Harazem, Ain Allah et Moulay Yacoub, sont très connus et réputés par leur bénéfice thérapeutique et sont plus fréquentés par un nombre important des visiteurs marocains et étrangers. Afin de prévenir le risque lié à la l’utilisation de ces eaux auprès des curistes, 84 échantillons d’eaux thermales (42 eaux de sources et 42 des eaux de piscines) ont été analysées et deux germes pathogènes ont été recherchés Pseudomonas aeruginosa et Legionella pneumophila. La recherche de ces deux bactéries a été réalisée selon des normes standardisées : la norme Française (EN 162661) pour P. aeruginosa et la norme AFNOR (T90-431) pour L. pneumophila. Les résultats obtenus lors de cette étude ont montré que les eaux des sources des trois stations thermales sont non chargées par ces deux germes pathogènes ce qui renseigne sur la bonne protection de ces eaux. Pour les eaux des piscines sont caractérisées par la présence de P. aeruginosa, le taux de contamination se diffère d’une piscine à une autre. Les valeurs assez importantes sont enregistrées dans la piscine de la station thermale Ain Allah avec une moyenne de 35,66 UFC/250ml, pour la piscine de Sidi Harazem la moyenne est de 25,33 UFC/250ml et dans la piscine de Moulay Yacoub est de 13,3 UFC/250ml. Cette charge bactérienne signifie une contamination d’origine anthropique. Les résultats de la recherche de L. pneumophila montrent une absence de cette bactérie dans les eaux des piscines des trois complexes thermaux. Cette étude révèle la nécessité de l’application d’un plan global et adéquat pour la surveillance de la qualité des eaux des piscines des trois stations thermales étudiées, afin de prévenir de tout risque potentiel lié à la baignade dans les piscines de ces stations.

Mots clés : eau thermale, piscine, Pseudomonas aeruginosa, Legionella pneumophila, Fès, Maroc.

ATPmétrie, outil de gestion des circuits d’eau thermale, assurée Jean Philippe FOUQUEY, Sté Hygie Concept, Pessac 33, membre du bureau de l’AFTH

La dernière règlementation d’octobre2013 relative à la surveillance des Eaux Minérales Naturelles (EMN), permet aux établissements thermaux de transférer un tiers de leurs analyse règlementaires du laboratoire régional agréé pour les EMN vers le laboratoire accrédité COFRAC (sur ce domaine) de leur choix et ce, sous réserve que l’établissement ait mis en œuvre une démarche qualité de type HACCP conformément à l’article R1322-29 du Code de la Santé Publique.

Les établissements se retrouvent donc avec 3 niveaux de surveillance sanitaire :

• Les contrôles sanitaires réalisés par le laboratoire agrée ;

• La surveillance principale réalisée par le laboratoire agréé ou un laboratoire accrédité COFRAC ;

• La surveillance complémentaire qui sera définie par l’exploitant à partir de l’analyse de risque.

L’analyse de risque (AMR) permet de mettre en évidence des « points à risques » en fonction de leur criticité. Ces points à risques seront définis comme CCP ou BPH après passage à l’arbre de décision.

Pour rappel, un CCP est défini comme une étape où la maîtrise est applicable et essentielle pour prévenir, éliminer ou réduire à un niveau acceptable un danger pour la sécurité sanitaire.

C’est donc, tout point, lieu, personnel, opération ou protocole pour lequel la perte de la maîtrise peut entraîner un risque inacceptable pour la santé et/ou la qualité du produit.

Par ailleurs le Codex alimentarius précise qu’un CCP est une étape pour laquelle il est possible de choisir des indicateurs avec définition d’une valeur limite. Indicateur qu’il sera possible de mesurer en temps réel et où il sera possible d’intervenir immédiatement si elle risque d’être dépassée. De ce fait les analyses bactériologiques standards ne peuvent être utilisées pour surveiller un CCP

A ce jour, la plupart des indicateurs choisis et mis en œuvre en thermalisme sont des indicateurs basés sur des paramètres physico-chimiques pouvant être enregistrés en continu. Ces indicateurs ont la plupart du temps étaient choisis de façon empirique, suite à observations (connaissance historique de l’établissement et/ou pratiques admises par la profession).

Cependant ils ne donnent aucune indication quant aux risques bactériologiques réels associés.

En outre, les référentiels qualité (Aquacert thermalisme®, notamment) imposent de valider l’efficience des mesures préventives et de vérifier leur efficacité ainsi que leurs mises en œuvre dans le cadre de la surveillance (Plan HACCP).

Traditionnellement, les validations sont basées sur l’historique de l’établissement (retours d’expériences ou habitudes professionnelles) mais sans preuve réelle de ce qui se passe dans les process, alors qu’en thermalisme chaque process est unique et réagi différemment en fonction des qualités d’eau, des matériaux, de la conception des installations, …

L’ATPmétrie, méthode d’analyse alternative de terrain permet par sa rapidité de mesure de l’utiliser comme un indicateur applicable à cette démarche de gestion des risques sanitaires et notamment de :

• Réaliser une cartographie de l’établissement afin de définir les zones propices aux développements bactériens dans le cadre des analyses de risque ;

• Développer une biosurveillance afin de suivre en continue (et en temps réel) le comportement de la biomasse dans les réseaux et/ou de vérifier l’existence de risque si on constate une dérive sur un indicateur physicochimique ;

• Valider l’efficience d’une mesure préventive (ND par exemple) et/ou la surveillance de l’efficacité de cette mesure.

Comparaison entre la détection directe des bactéries dans l’eau par PCR avec la méthode conventionnelle de l’évaluation de la qualité d’eau

Rida Hajji Hour et Mohammed El Hassouni Equipe de Biotechnologie Microbienne, Laboratoire de Biotechnologie, Faculté des Sciences Dhar El Mahraz, Université Sidi Mohammed Ben Abdellah, BP. 1796. Fès, Maroc. Email : Rida.hajji@yahoo.fr

Nous avons comparé la technique de filtration sur membrane qui est largement utilisée pour l’évaluation de la qualité de l’eau avec une méthode que nous avons mis au point qui est la détection directe des bactéries contenues dans l’eau par la PCR sans aucune préparation de l’ADN génomique total. Nos résultas ont montré que (i) Le protocole de détection que nous avons mis au point est capable de détecter la présence des bactéries dans l’eau par la PCR directement. (ii) Trois échantillons d’eau d’origines différents ont été analysés par PCR selon notre protocole, l’utilisation des amorces FD1/RS16 a montré la présence des eubactéries dans les trois échantillons. L’utilisation des amorces E1/E2 a montré la présence d’E. coli dans l’eau de la rivière et celle du puits. Tandis que dans l'eau de la source, aucune amplification par PCR n'a été obtenue indiquant que cette eau est exempte d'E. Coli ou alors  contaminée avec une concentration plus faible au seuil de détection. L’analyse de ces échantillons par la technique de filtration sur membrane a donné des résultats convenables à ceux retrouvés par notre protocole.

Mots clés: PCR, l’eau, protocole de détection, pollution bactérienne, technique de filtration sur membrane.